内控体系与ISO质量管理体系联系很多，也有很多不同的地方。
　　目的不同：内控体系是以会计报告的内控为主，而ISO质量体系是以产品质量为主。
　　控制活动不同：在现阶段五部委提供的18个指引来看，内控体系缺少对生产过程控制；而ISO质量体系则以产品质量为主，涵盖产供销价值链，但是缺少会计系统控制。
　　涉及部门不同：在ISO体系内不存在财务部门，以研发、生产、采购、销售部门为主；内控体系几乎涵盖公司各部门，因为有句话说得好，只要是企业在运作的，其最后的运作成果就是财务数值。
　　要求不同：内控体系是国家强制要求，而ISO只是产品运营体系的一个认证，非强制要求。
　　联系是：企业只有一套作业体系，内控体系与ISO质量体系最终都是一个作业流程，不然企业就可能乱套，所以这两者又是相通的。从某种意义上看，内控体系包含ISO体系。