工程项目内部控制审计，就是对被审计单位工程项目内部控制设计与运行有效性的审查和评价活动，对促使被审计单位加强工程项目内部控制建设、防范工程项目风险具有重要意义。
 
审计依据
　　工程项目控制审计依据,除了国家关于工程项目管理方面的法律法规，企业制定的工程项目管理制度及其《企业内部控制手册》有关工程项目部分的内容外，还应包括国家、行业协会、被审计单位有关审计方面的规范及标准等。
 
审计目标
　　工程项目内部控制审计目标，就是保证工程项目内部控制设计和运行的有效性，促使企业预防和控制工程项目风险，具体包括：（1）证实工程项目管理内部控制是否建立、健全并有效执行。（2）证实各项工程项目业务是否合法、合规等。
 
审计内容
　　工程项目内部控制审计内容，因审计主体、审计要求及其审计方式的不同而不同。采用传统的全面审计方式，工程项目内部控制审计是审查和评价工程项目内部控制设计和运行的有效性两个方面，范围包括工程立项、工程招标、工程造价、工程建设、工程验收等业务。采用现代以风险为导向审计方式，审计人员应以工程项目风险为导向，审计已经设计完成的工程项目内部控制及其相关的管理制度是否有效执行，是否有效控制了工程项目风险；已经设计有效的工程项目各控制点的控制措施是否有效实施，是否有效防止了各控制环节的风险；是否根据业务、环境等的变化持续改进工程项目内部控制等。
 
审计程序
　　（一）调查了解
　　调查了解，就是调查了解工程项目内部控制设计和运行的基本情况，是对工程项目内部控制审计实施阶段的首要环节。工程项目调查这项工作是在内部控制审计总体工作的准备阶段的基础上进行的，涉及具体内容很多，也因单位的不同而不同。对工程项目内部控制调查了解的方法有文字叙述法、调查表法、流程图法、控制矩阵法等。
　　（二）初步评价
　　对工程项目内部控制初步评价，可通过问题调查表和初步评价表进行反映工程项目初步评价可以结合调查了解程序一起进行，也可独立进行。
　　（三）风险评估
　　按照风险导向审计理论，审计人员进行工程项目内部控制审计应当以风险评估为基础，选择拟测试的控制，确定测试所需要收集的证据。工程项目风险评估，就是识别、分析、评价工程项目方面的风险。工程项目风险应识别和描述的内容主要包括：（1）立项缺乏可行性研究或者可行性研究流于形式，决策不当，盲目上马，可能导致难以实现预期效益或项目失败。（2）项目招标暗箱操作，存在商业贿赂，可能导致中标人实质上难以承担工程项目、中标价格失实及相关人员涉案。（3）工程造价信息不对称，技术方案不落实，概预算脱离实际，可能导致项目投资失控。（4）工程监理不到位，项目资金不落实，可能导致工程质量低劣，进度延迟或中断。（5）竣工验收不规范，最终把关不严，可能导致工程交付使用后存在重大隐患。
　　（四）控制测试
　　工程项目内部控制测试，就是审计人员现场测试工程项目内部控制设计和运行的有效性。对工程项目内部控制设计有效性测试时，审计人员应当综合运用询问适当人员、观察经营活动和检查相关文件等程序。对工程项目内部控制运行有效性测试，审计人员应当综合运用询问适当人员、观察经营活动、检查相关文件以及重新执行控制等程序。事实上，审计实践中，审计人员对工程项目内部控制设计有效性和运行有效性是一并进行测试的，测试重点是工程项目关键控制。
　　（五）评价缺陷
　　评价工程项目控制缺陷，就是对工程项目内部控制存在的设计和执行有效性方面的缺陷进行分析和评价。对已发现的工程项目内部控制重大缺陷，审计人员应当及时以书面形式与被审计单位进行沟通，核对测试结果和数据，确认工程项目内部控制缺陷事实并在缺陷认定底稿上签章。
　　（六）审计评价
　　工程项目内部控制审计评价工程项目内部控制审计工作的一个重要环节。工程项目内部控制审计评价的方法很多，比较常用的是评分法。
　　在长期的审计实践中，对工程项目内部控制系统进行评价，是为了在对资产业务进行实质性测试前确定对资产内部控制确定可依赖程度，并在此基础上提出健全的措施和建议。审计人员在评价时应注意分析资产业务中认定可能发生哪些潜在的错报或漏报，哪些控制可以防止或者发现并更正这些错报或漏报。通过比较必要的控制和现有控制，评价计划依赖的资产业务内部控制的健全性与有效性。如果被审计单位或部门没有建立审计人员认为必要的内部控制，或者现有控制不足以防止或检查错报或漏报，那么审计人员除了考虑内部控制缺陷对审计实质性测试的影响外，应针对健全内部控制系统提出建议措施。
　　（七）形成意见
　　工程项目内部控制审计意见，就是对工程项目内部控制有效性的审计结论，是被审计单位内部控制审计意见的一部分。这方面的工作是在前面工程项目内部控制审计工作基础上进行的。