财务报表内部控制缺陷是发生在会计层面的，这种缺陷不仅可以直接影响财务报告，而且对于其他相关信息的真实完整也会起到重大的影响。公司层面的内部控制缺陷与会计层面无关，是发生在这之外的。对于财务报告的内控缺陷来说，它的影响是间接性的。除此之外，它还会对企业的经营效率以及合法性产生一定的影响。

　　对于财务报告的内控缺陷而言，要通过定性与定量相结合的方法来判定。比如对于注册会计师来讲，我国的衡量标准是从数量和性质来考虑。借鉴这一方式，我们也可以用这一标准来认定内部控制缺陷。
　　（1）定性分析标准。任何事物都有两面性。就拿某些缺陷而言，虽然其数量不大，但就性质而言，却显得格外重要。所以在判定过程中，我们要将缺陷性质放在首要位置来考虑，比如违法违规操作导致合同内容无法正常进行的。国内对于注册会计师的特别风险和重要性判定有一套明确的标准，借鉴这一标准，我们认为，凡是符合以下几个特征的，即可划分到重大缺陷的范围：管理层不能正确对待的内控缺陷以及自身的舞弊行为；任何形式的导致违规（公司明文规定或法律法规）缺陷；各种主观臆想和估计带来的缺陷等。
　　（2）定量分析标准。摒弃其他方法，以量化标准来认定财务报告内控缺陷。在此过程中，可以借鉴有关会计方面的规定，依据缺陷可能发生的概率进行划分。这样在定位会计层面的内控缺陷时，我们就能制定出一个切实可行的标准：以50%为界限，将财务报错可能性大于它的，定位为“很可能”发生控制缺陷；小于它的，定为“可能”发生控制缺陷。对于导致后果而言，其量化可以借鉴对注册会计师重要性的判定，按照税前利润和总收入等的比例进行量化，当然还要考虑到净资产占总收入的比例问题。参考以上方法，我们以5%为界限，将控制缺陷造成利润报错率大于它的，可划分为严重偏离控制目标的范畴；小于它的，定为低于重大程度的偏离。
　　因此，我们可以对财务报告内控缺陷作这样的定义：以5%为标准，在公司合并税前，如果一项控制缺陷造成利润报错率大于这一标准，且发生的可能性大于50%的，称之为重大缺陷；如果一项控制缺陷造成利润报错率小于这一标准，且发生的可能性≤50%的，称之为一般缺陷；其他的为重要缺陷。 　　（3）定性为主。这里的定性为主是针对非财务报告内部控制缺陷而言的。这一类型的缺陷是就整个公司层面经营而言的，可能会带来经营效果或这一过程是否合法化等问题，对财务报表并没有直接的影响。这也就导致了实际操作过程中使用量化分析这一方法行不通，因此只有重大与非重大缺陷之分，而无一般和重要缺陷。其实，采用定性的标准划分法更适合非财务报告内部控制缺陷分析，这其中包括了关键控制点认定法等方式。这种方法对于公司各种关键业务了解比较清楚，一旦有缺陷发生，那就必然是重大缺陷，否则就属于非重大缺陷的范畴。