根据我国审计署《关于内部审计工作的规定》以及国际内部审计师协会《内部审计从业准则》的有关内容，内部审计机构一般有以下几项主要职权：
 　　1.根据内部审计工作的需要，要求有关单位按时报送计划、预算、报表和有关文件、资料等。
 　　2.审核凭证、账表、决算，检查资金和财产，检测财务会计软件，查阅有关文件和资料。
 　　3.审核成本管理情况，检测成本管理软件。
 　　4.对审计涉及的有关事项进行调查，并索取有关文件、资料等证明材料。
 　　5.对正在进行的严重违反财经法规、严重损失浪费的行为，经部门或者单位负责人同意，作出临时制止决定。
 　　6.对阻挠、妨碍审计工作以及拒绝提供有关资料的，经单位领导人批准，可以采取必要的临时措施，并提出追究有关人员责任的建议。
 　　7.检查管理工作及经济效益的情况，提出改进管理、提高经济效益的建议。
 　　8.检查财经法规的遵守情况，提出纠正、处理违反财经法规行为的意见。
 　　9.对严重违反财经法规和造成严重损失浪费的直接责任人员，提出处理建议，并按有关规定，向上级内部审计机构或审计机关反映。
此外，部门、单位的负责人，还可以在管理权限范围内，授予内部审计机构以经济处理、处罚的权限。
为保证内部审计机构职权的有效行使，内部审计机构应对其职权的行使情况，定期以专题报告的形式进行总结、评价，并向高层管理部门通报。