评价监督是行政事业单位实施有效内部控制的重要保证，建立健全行政事业单位评价监督制度，加强行政事业单位评价监督工作，提高我国行政事业单位评价监督能力具有十分重要的意义。目前我国行政事业单位监督乏力，外部监督太远，内部监督太软，监督不到位和多头重复监督现象并存，加强和改善行政事业单位评价监督任重道远。
　　就内部控制而言，行政事业单位内部控制建设关键在执行，行政事业单位评价监督就是通过评价、监督检查行政事业单位内部控制系统的运行过程和结果，促使行政事业单位建立并执行内部控制。行政事业单位内部控制评价监督程序，就是对行政事业单位内部控制工作从开始监督到结束监督行为的基本过程。行政事业单位内部控制评价监督的具体程序，因监督方式、监督主体、监督内容及其监管要求等的不同而不同，但一般应包括准备阶段、实施阶段、报告阶段和改进阶段。
　　行政事业单位内部控制评价监督的准备阶段主要包括行政事业单位内部控制评价监督项目立项、组成内部控制评价监督小组、监督前期调研、制订内部控制评价监督方案、下达内部控制评价监督通知书等。
　　行政事业单位内部控制评价监督的实施阶段是内部控制评价监督的关键阶段，基本步骤包括了解控制目标、进行风险排序、关注关键控制、收集相关信息、实施测试、汇总缺陷等。行政事业单位内部控制评价监督实施阶段工作是具体的，审计领域在审计实施阶段的流程已有比较具体操作程序可以借鉴。
　　行政事业单位内部控制评价监督的报告阶段，是行政事业单位内部控制评价监督的一个重要环节。行政事业单位内部控制评价监督报告向谁报告，因管理体制和监管要求的不同而不同，但一般情况应是谁负责监督工作，就向谁报告。监管要求向外披露或报告的，应及时按要求向外编报。